10 juta tahun yang lalu, kepulauan Nusa Tenggara Timur adalah gunung api bawah laut dan 5 juta tahun kemudian muncul menjadi daratan. 

Nusa Tenggara Timur pada saat terbentuknya "jembatan darat" mengikuti benturan antara Australia dan Timor di awal Pliosen (5,3 juta hingga 3,6 juta tahun yang lalu) diduga menjadi jalur migrasi leluhur komodo dari Australia ke arah barat sampai Selat Lombok yang menjadi pembatas alami. 

Naik turun permukaan air laut selama Pliosen-Plistosen-Holosen, menjadikan komodo terisolasi di pulau-pulau yang sekarang menjadi habitat satwa purba endemik, seperti di Pulau Komodo dan Pulau Rinca